Mechanizm podzielonej płatności tego podatku, czyli tzw. split-payment w zamyśle Ministerstwa Finansów ma być kolejnym – po np. pakiecie paliwowym, wprowadzeniu Jednolitego Pliku Kontrolnego – narzędziem do walki z oszustwami podatkowymi.
Jego zasada działania polega na tym, że zapłata za towar lub usługę jest dzielona na dwie części. Wartość netto jest płacona przez nabywcę na rachunek rozliczeniowy dostawcy lub jest rozliczana w inny sposób. Natomiast kwota VAT jest płacona na specjalny rachunek bankowych dostawcy - rachunek VAT. Zdaniem przedstawicieli resortu finansów podzielona płatność podatku od towarów i usług znacząco ogranicza, a nawet eliminuje możliwość jego wyłudzenia.

Ze względu na liczne wątpliwości zgłaszane w trakcie konsultacji społecznych, kształt proponowanych przepisów był wielokrotnie zmieniany. Obawy dotyczyły przede wszystkim ryzyka zaburzenia płynności finansowej przedsiębiorstw, co – jak sami przyznali przedstawiciele resortu finansów – może być skutkiem ubocznym wprowadzenia tego rozwiązania.

Jak wskazują Pracodawcy Rzeczypospolitej Polskiej po wprowadzeniu split-payment Ministerstwo Rozwoju i Finansów będzie musiało uważnie analizować sytuację na rynku i w razie potrzeby szybko reagować, aby zapobiec negatywnym skutkom utraty płynności finansowej firm.

Po pozytywnym rozpatrzeniu projektu przez Radę Ministrów dalszymi pracami nad jego kształtem zajmie się Sejm. W związku z tym możliwe są kolejne zmiany przepisów projektu. Najważniejsze jest, aby dążenie do uszczelnienia systemu podatkowego nie przesłoniło interesu przedsiębiorców i nie utrudniało w zbyt dużym stopniu prowadzenia działalności. W przeciwnym wypadku korzyści wynikające ze zmniejszenia skali wyłudzeń mogą okazać się niewspółmierne do kosztów, jakie poniesie gospodarka.