1. Regulacje prawne mające zastosowanie do kontroli przedsiębiorcy
 
Oprócz przepisów ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm.) – dalej o.p. – w aktualnym stanie prawnym należy wskazać również na inne regulacje mające zastosowanie do kontroli przedsiębiorców, tj. na obowiązujące od dnia 21 sierpnia 2004 r. przepisy ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (tekst jedn.: Dz. U. z 2010 r. Nr 220, poz. 1447 z późn. zm.) – dalej u.s.d.g. – oraz na jej nowelizację ustawą z dnia 19 grudnia 2008 r. o zmianie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2009 r. Nr 18, poz. 97). Nowela wprowadziła szereg istotnych rozwiązań mających w założeniu przeciwdziałać sytuacjom, w których kontrole u przedsiębiorcy utrudniają bieżące prowadzenie działalności gospodarczej. Rozdział 5 u.s.d.g. (art. 77–84) określił reguły prowadzenia kontroli przedsiębiorców. Reguluje on szereg zagadnień związanych z kontrolami przedsiębiorców w zakresie prowadzonej przez nich działalności gospodarczej. Jedną z takich sfer podlegających kontroli jest także zgodność działalności z przepisami prawa podatkowego i w tym zakresie obejmuje także kontrole podatkowe. Przepisy te mają zastosowanie do wszystkich organów dokonujących kontroli przedsiębiorcy, w tym również organów podatkowych. Zgodnie z dodanym do Ordynacji podatkowej art. 291c o.p. nowe regulacje ustawy o swobodzie działalności gospodarczej znajdą zastosowanie do kontroli działalności gospodarczej podatnika będącego przedsiębiorcą. Zmiany ustawy o swobodzie działalności gospodarczej w zakresie kontroli działalności gospodarczej przedsiębiorcy związane są m.in. z:
a) ograniczeniem czasu trwania kontroli u przedsiębiorcy w zależności od jego wielkości i zastąpieniem okresu liczonego w tygodniach okresem liczonym w dniach;
b) wprowadzeniem sprzeciwu jako środka prawnego wobec podjęcia i wykonywania przez organy kontroli czynności z naruszeniem przepisów dotyczących czasu trwania i liczby kontroli;
c) ujęciem expressis verbis zasady jak najmniej uciążliwego prowadzenia kontroli poprzez wskazanie możliwości przeprowadzenia kontroli w siedzibie organu (art. 80a § 2 u.s.d.g.) oraz możliwości zwrócenia uwagi organowi, iż czynności kontrolne zakłócają normalne funkcjonowanie podatnika (art. 80b u.s.d.g.)1;
d) sprecyzowaniem okoliczności wyłączających stosowanie ograniczeń liczby jednoczesnych kontroli u przedsiębiorcy oraz czasu trwania kontroli, co ma szczególnie istotne znaczenie w przypadku kontroli podejmowanych przez urząd kontroli skarbowej.

2. Zawiadomienie o planowanej kontroli podatkowej
 
Istotnym novum w zasadach związanych z przeprowadzaniem kontroli podatkowej przedsiębiorców wprowadzonym od dnia 1 stycznia 2009 r. mocą ustawy z dnia 7 listopada 2008 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 209, poz. 1318) jest obowiązek zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli (art. 282b § 1 o.p.). Zawiadomienie to zgodnie z art. 282b § 4 o.p. zawiera oznaczenie organu, datę i miejsce wystawienia, oznaczenie kontrolowanego, wskazanie zakresu kontroli, pouczenie o prawie złożenia korekty deklaracji, podpis osoby upoważnionej do zawiadomienia. Zawiadamianie kontrolowanego ma na celu ochronę jego interesów poprzez umożliwienie mu przygotowania się do kontroli i taką organizację pracy, aby zminimalizować wpływ kontroli na bieżące funkcjonowanie przedsiębiorstwa. Ustawodawca dał również podatnikowi możliwość przygotowania, ponownego sprawdzenia dokumentacji i ewentualnego dokonania korekty deklaracji jeszcze przed rozpoczęciem kontroli2. W zawiadomieniu o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, którego wzór został określony rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 25 listopada 2011 r. w sprawie wzoru zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej (Dz. U. Nr 267, poz. 1580), organ poucza przyszłego kontrolowanego w szczególności o prawie złożenia korekty deklaracji. Zawiadomienie o planowanej kontroli oznacza, że podatnik jeszcze przed jej wszczęciem może dokonać korekty deklaracji podatkowej. Dokonując korekty po doręczeniu zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, podatnik nie będzie mógł skorzystać z wprowadzonego również od dnia 1 stycznia 2009 r. prawa naliczenia odsetek za zwłokę w obniżonej wysokości (w art. 56 § 1a o.p.).

Kontrolę wszczyna się nie wcześniej niż po upływie siedmiu dni i nie później niż przed upływem 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli. W praktyce przepisy, określając ramowy okres na wszczęcie kontroli, nie ustalają precyzyjnie sposobu ustalenia momentu jej wszczęcia. Prawo to przysługuje organowi, choć kierując się zasadą prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów (art. 292 w zw. z art. 121 § 1 o.p.), należałoby oczekiwać, że sugestie podatnika, szczególnie jeśli dotyczą obiektywnych okoliczności (np. wyjazd służbowy, okres urlopowy, choroba), powinny być brane pod uwagę3. Jeżeli kontrola nie zostanie wszczęta w terminie 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia, wszczęcie kontroli wymaga ponownego zawiadomienia. Możliwe jest jednocześnie wcześniejsze wszczęcie kontroli, tj. przed upływem siedmiu dni od dnia doręczenia zawiadomienia, lecz tylko za zgodą kontrolowanego.

Jednocześnie nie w każdej sytuacji istnieje obowiązek zawiadamiania o planowanym przeprowadzeniu kontroli. Zasada zawiadamiania o zamiarze wszczęcia kontroli podlega pewnym ograniczeniom (art. 282c o.p.). Ustawodawca ściśle określił przypadki, w których organ może wszcząć kontrolę bez doręczania zawiadomienia. Owe przypadki zostały ustanowione z uwagi na prakseologię postępowania oraz interes fiskalny, mają charakter przedmiotowy i wiążą się z przedmiotem kontroli (art. 282c § 1 pkt 1 o.p.). Ponadto mogą być związane z okolicznościami dotyczącymi kontrolowanego (art. 282c § 1 pkt 2 o.p.)4. Nie zawiadamia się o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej z uwagi na przedmiot kontroli w kilku grupach sytuacji. Po pierwsze, jeśli kontrola dotyczy zasadności zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług. Nie zawiadamia się także, jeśli kontrola ma być wszczęta na żądanie organu prowadzącego postępowanie przygotowawcze o przestępstwo lub przestępstwo skarbowe. Żądanie takie może być zawarte w wystąpieniu prokuratora, gdy postępowanie przygotowawcze ujawni istnienie okoliczności sprzyjających popełnianiu przestępstwa lub utrudniających ich ujawnienie (art. 27 ust. 1 ustawy z dnia 20 czerwca 1985 r. o prokuraturze, tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 270, poz. 1599 z późn. zm.). Bez zawiadamiania organ wszczyna kontrolę również w sytuacji, gdy dotyczy ona dochodów nieujawnionych, a także gdy dotyczy niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej. Ponadto bez zawiadomienia zostanie podjęta kontrola w oparciu o informacje uzyskane na podstawie przepisów o przeciwdziałaniu wprowadzaniu do obrotu finansowego wartości majątkowych pochodzących z nielegalnych lub nieujawnionych źródeł oraz o przeciwdziałaniu finansowaniu terroryzmu.

Oprócz tego kontrole bez zawiadomienia mogą być podejmowane w trybie, o którym mowa w art. 284a § 1 o.p., czyli w trybie nagłym, tzw. na legitymację, jeśli są niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia skarbowego, ewentualnie mają charakter doraźny dotyczący ewidencjonowania obrotu za pomocą kasy rejestrującej, użytkowania kasy rejestrującej lub sporządzania spisu z natury5.
W razie konieczności rozszerzenia zakresu kontroli na inne okresy rozliczeniowe z uwagi na nieprawidłowości stwierdzone w wyniku dokonanych już czynności kontrolnych można to uczynić również bez uprzedniego zawiadomienia o tym fakcie kontrolowanego. Taka możliwość nie istnieje w przypadku rozszerzenia kontroli np. na inne podatki6.

O ile wskazane powyżej okoliczności, w których nie zawiadamia się o zamiarze przeprowadzenia kontroli z uwagi na szczególny przedmiot kontroli w zasadzie nie budzą większych zastrzeżeń, o tyle okoliczności dotykające samego kontrolowanego nie zostały sformułowane w zręczny sposób i mogą rodzić wątpliwości. Mianowicie nie zawiadamia się o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej z uwagi na posiadane przez organ podatkowy informacje, z których wynika, że kontrolowany został prawomocnie skazany w Rzeczpospolitej Polskiej za popełnienie przestępstwa skarbowego, przestępstwa przeciwko obrotowi gospodarczemu, przestępstwa z ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (tekst jedn.: Dz. U. z 2009 r. Nr 152, poz. 1223 z późn. zm.) lub wykroczenia polegającego na utrudnianiu kontroli.