W 2009 r. podatnik sprzedał udział w wysokości 1/2 części w spółdzielczym własnościowym prawie do lokalu mieszkalnego przed upływem terminu pięciu lat od nabycia tego mieszkania. Jednak sprzedawca oświadczył, ze cały przychód ze sprzedaży zostanie przeznaczony na zakup innej nieruchomości w ciągu dwóch lat. Rzeczywiście w 2011 r. wpłynęła informacja do urzędu do przeznaczeniu przychodu ze sprzedaży na cele mieszkaniowe.

Naczelnik urzędu skarbowego wszczął z urzędu postępowanie podatkowe w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym z tytułu odpłatnego zbycia, przed upływem pięciu lat od daty nabycia. Fiskus wezwał podatnika do złożenia deklaracji PIT-23 oraz wyjaśnień i wszelkich dokumentów potwierdzających poniesienie wydatków uprawniających do skorzystania ze zwolnienia od podatku dochodowego.


W wyniku przeprowadzonego postępowania organ ustalił należność podatkową w wysokości ponad 50 tysięcy złotych, ponieważ uznał, że spłata refinansowego kredytu hipotecznego nie mieści się w dyspozycji zwolnienia podatkowego na cele mieszkaniowe.
Podatnik nie zgodził się z decyzją fiskusa i uznał, że kredyt refinansowany wypełnia przesłanki zwolnienia podatkowego. Ponadto strona wskazała na obowiązek organu podatkowego, według którego fiskus ma obwiązek ustalenia ceny rynkowej lokalu mieszkalnego.
W związku z tym podatnik skierował skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (III SA/Wa 52/15), który tylko częściowo podzielił jego argumentację. WSA w odniesieniu do kredytu powołał się na uchwałę NSA II FPS 3/12 i stwierdził, że organ ma rację, iż nie można go uznać za wypełnienie przesłanek dla zastosowania zwolnienia. Jednak w kontekście niewypełnienia obowiązku ustalenia wartości rynkowej mieszkania przez fiskus sąd I instancji przyznał rację podatnikowi.


W dniu 9 stycznia br. Naczelny Sąd Administracyjny (II FSK 3497/15) zaaprobował rozstrzygnięcie WSA. NSA stwierdził, że na organach podatkowych ciąży obowiązek wyjaśniania każdej różnicy pomiędzy ceną sprzedaży a ceną rynkową, niezależnie czy jest to zwyżka czy zniżka.