Eksperci Konfederacji dostrzegają palącą potrzebę podjęcia walki z oszustwami i wyłudzeniami podatkowymi, jednakże zaprezentowany projekt zmian w VAT zawiera ich zadaniem rozwiązania zdecydowanie pogarszające warunki funkcjonowania przedsiębiorców. Wzrośnie bowiem ryzyko prowadzenia działalności przez uczciwych podatników, czy to poprzez wprowadzenie generalnej zasady odpowiedzialności solidarnej nabywcy za uchybienia dostawcy, czy też istotnego pogorszenia płynności finansowej podmiotów gospodarczych poprzez wprowadzenie systemu podzielonej płatności. Sytuację podatników pogorszy także drastyczne ograniczenie możliwości bezpośredniego zwrotu nadwyżki podatku, radykalny wzrost obciążeń administracyjnych, czy wprowadzenie znacznego formalizmu rozliczeń oraz opresyjności podatku VAT.
Zdaniem Rady Podatkowej, nie ma uzasadnienia dla wprowadzania nowych regulacji w drodze uchylenia dotychczas obowiązującej ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług i zastąpienia jej nowym aktem prawnym. Większość regulacji i rozwiązań przedstawionych w projekcie, to rozwiązania funkcjonujące także obecnie, więc zastępowanie dotychczasowej ustawy nowym aktem, w miejsce stosownej nowelizacji i wprowadzenia rozwiązań uszczelniających system VAT, jest rozwiązaniem z wielu względów wątpliwym i kosztownym dla podatników oraz administracji.
Podatnicy przywykli do układu, metodologii, a nawet słownictwa, którym posługuje się obecna ustawa o VAT. Zmiana, w postaci wprowadzenia nowego aktu, wywoła w zasadzie u wszystkich podatników konieczność zgłębienia zasad rządzących podatkiem VAT na nowo. Dotyczy to także pracowników administracji podatkowej, kontroli skarbowej czy służby celnej, co wiąże się z kosztami administracyjnymi niewspółmiernie wysokimi w porównaniu do kosztów towarzyszących zazwyczaj okresowym nowelizacjom ustawy.
Eksperci zwracają także uwagę na to, że uchylenie obecnej ustawy o VAT spowoduje, że blisko 11-letni dorobek praktyki i orzecznictwa sądów administracyjnych z formalnego punktu widzenia stanie się nieaktualny. Dotyczyć to będzie również przepisów i rozwiązań, które zostały w identycznym lub zbliżonym brzmieniu powielone w projekcie nowej ustawy, a które istnieją od lat, sprawdzają się w praktyce gospodarczej, nie stanowiąc źródła nadużyć i wyłudzeń. Nie wydaje się również zasadne wprowadzanie nowego aktu właśnie po to, by dotychczasowe interpretacje indywidualne przepisów prawa podatkowego utraciły moc prawną, a także by ograniczyć możliwość skorzystania przez podatników z uzyskania interpretacji podatkowej w zakresie VAT.
Zdaniem ekspertów, walka z oszustwami i wyłudzeniami powinna być realizowana przez przygotowane i wyspecjalizowane organy, które mają możliwość koordynacji działań różnych służb zajmujących się walką z przestępczością. Ich wspólne działania mogą przynieść natychmiastowy efekt w postaci identyfikacji podmiotów organizujących oszustwa, zabezpieczyć wpływy budżetowe, zastopować wyłudzenia oraz przywrócić uczciwą konkurencje na rynku, nie pogarszając jednocześnie sytuacji zdecydowanej większości podatników. .Zaostrzenie polityki podatkowej wobec ogółu przedsiębiorców nie dość, że nie przynosi oczekiwanych efektów finansowych, to dodatkowo powoduje utratę zaufania do organów państwa.