Odpowiedź:
Jeżeli organ nie zakwestionuje zasadności wniosku o zwrot nadpłaty podatku, wówczas powinien uznać, że podatek dochodowy został zapłacony w dniu złożenia deklaracji podatkowej w VAT wraz z dyspozycją zaliczenia zwrotu na CIT. Sam fakt, że organ wszczął czynności sprawdzające lub kontrolne dotyczące zwrotów nie przesądza o braku możliwości dokonania zaliczenia zwrotu. W praktyce, brak postanowienia o zaliczeniu może oznaczać opóźnienie w wydaniu zaświadczenia o niezaleganiu.

Uzasadnienie:
Zgodnie z dyspozycją przepisu art. 76b § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2015 r. poz. 613 z późn. zm.) – dalej o.p., przepisy art. 76, art. 76a, art. 77b i art. 80 o.p. stosuje się odpowiednio do zwrotu podatku. Zaliczenie, o którym mowa w art. 76a § 2 pkt 1 u.o.p., następuje z dniem złożenia deklaracji wykazującej zwrot podatku.
Zaliczenie nadpłaty jest czynnością o charakterze materialnotechnicznym i dokonywane jest w drodze postanowienia organu, na które służy zażalenie.
Wobec powyższych zasad mogłoby wydawać się, że zaliczenie nadwyżki VAT naliczonego nad należnym na poczet innych zobowiązań (zaległości etc.) z dniem złożenia deklaracji ma charakter bezwzględny a prawo podatnika niewzruszalne. Trzeba jednak podkreślić, że aby zaliczenie mogło być dokonane musi istnieć podatek do zwrotu – jeżeli takie jest kwestionowane należy uznać, iż brak jest podstaw do zaliczenia.
To moim zdaniem oznacza, że w przypadku gdy toczy się postępowanie kontrolne za miesiąc, w którym (za który) została wykazana nadwyżka, dotyczące zasadności wniosku o zwrot nadwyżki organ może odmówić zaliczenia zwrotu na poczet zobowiązania za późniejszy okres rozliczeniowy.  Pogląd taki znajduje potwierdzenie w wyroku WSA we Wrocławiu z dnia 31 lipca 2014 r., I SA/Wr 1392/14: „Jedynie w sytuacji uznania przez organ podatkowy zasadności wykazanego przez podatnika zwrotu VAT możliwe będzie zaliczenie go na poczet zaległych zobowiązań podatkowych podatnika. A zatem zasady przewidziane w treści art. 76 § 1 O.p. i art. 76a § 1 O.p. w zw. z art. 76b § 1 O.p. jeżeli dotyczą zwrotu VAT (nadwyżki podatku naliczonego nad należnym) muszą być odczytywane przez pryzmat treści art. 87 ust. 1 i 2 ustawy o VAT".
To oznacza, że jeżeli organ nie zakwestionuje zasadności wniosku o zwrot nadpłaty podatku, wówczas powinien uznać, że podatek dochodowy został zapłacony w dniu złożenia deklaracji podatkowej w VAT wraz z dyspozycją zaliczenia zwrotu na CIT. Sam fakt, że organ wszczął czynności sprawdzające lub kontrolne dotyczące zwrotów nie przesądza o braku możliwości dokonania zaliczenia zwrotu ale organ powinien uzależnić skuteczne zaliczenie zwrotu od wyniku postępowania. W praktyce, brak postanowienia o zaliczeniu może oznaczać brak zaświadczenia o niezaleganiu (opóźnić jego wydanie).

Radosław Kowalski

Odpowiedzi udzielono 2.11.2015 r.