Ministerstwo Finansów pismem z dnia 5 marca 2010 r. wyjaśniło, że kwoty otrzymane ze zwolnienia z podatku od nieruchomości w ZPChr nie mogą być kosztem uzyskania przychodu, natomiast wydatki z ZFRON (utworzone z podatku od nieruchomości) będą kosztami uzyskania przychodu.
Czy jeśli jest to wydatek na zakup środków trwałych, to cała amortyzacja jest kosztem uzyskania przychodu?
Z tego samego pisma wynika, że wynagrodzenia w kwocie brutto są kosztami uzyskania przychodu w ZPChr, a zaliczka na podatek dochodowy nie ma wpływu na te koszty.
Czy w związku z tym wydatki z ZFRON (utworzonego z podatku dochodowego) nie będą kosztami uzyskania przychodu, a amortyzacja zakupionego z tych środków środka trwałego nie będzie kosztem uzyskania przychodu?
Wydatki sfinansowane z ZFRON mogą być, co do zasady, zaliczane do kosztów uzyskania przychodów na zasadach ogólnych, ale nie dotyczy to wydatków w kwocie stanowiącej równowartość zaliczki na podatek dochodowy od wynagrodzeń pracowniczych naliczonej przez ZPChr i przekazanej na ZFRON (kwota ta jest bowiem kosztem w momencie jej naliczenia).
Wydatki z ZFRON rozlicza się w kosztach na zasadach ogólnych. Oznacza to, że są one kosztem uzyskania przychodów, jeżeli mają związek z uzyskiwaniem przychodów, albo zabezpieczeniem lub zachowaniem źródła przychodów - zob. art. 22 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn.: Dz. U. z 2010 r. Nr 51, poz. 307 z późn. zm.) - dalej u.p.d.o.f., oraz art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 z późn. zm.) - dalej u.p.d.o.p.
Zgodnie z interpretacją Ministra Finansów z dnia 5 marca 2010 r., DD6/8213/165/KWW/09/BMI9/11871, "tworzony przez prowadzącego zakład pracy chronionej ZFRON lub przez prowadzącego zakład aktywności zawodowej ZFA nie jest (...) funduszem tworzonym w ciężar kosztów. Tym samym, przekazywane wpłaty na ZFRON (ZFA), odpowiadające środkom uzyskanym ze zwolnienia od podatku od nieruchomości, nie mogą stanowić kosztów podatkowych w momencie przekazania ich na tego rodzaju fundusz. Takie stanowisko prezentowane było np. w wyroku NSA z dnia 5 września 2006 r., II FSK 1179/05". Niezapłacony podatek nie stanowi ani przychodu, ani kosztu uzyskania przychodu, gdyż nie jest to ani kwota uzyskana, ani wydana.

Jednocześnie jednak, zgodnie ze stanowiskiem Ministra Finansów, należy rozróżnić skąd pochodzą środki na wydatki dokonywane z ZFRON.
W większości przypadków środki ZFRON nie są kosztem uzyskania przychodów w momencie przekazywania na ten fundusz, więc stosujemy zasady powyższe (oznacza to, iż przekazując pieniądze na ZFRON, przekazana kwota nie może być zaliczona do kosztów uzyskania). Inaczej jest jednak w przypadku podatku dochodowego od wynagrodzeń wypłacanych przez ZPChr, które stanowią koszty uzyskania już w momencie ich naliczenia. Zgodnie z art. 38 ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f., płatnicy będący zakładami pracy chronionej kwoty pobranych zaliczek na podatek od przychodów z tytułów określonych w art. 12 oraz od zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego, wypłacanych przez tych płatników:
1) za miesiące od początku roku do miesiąca włącznie, w którym dochód podatnika uzyskany od początku roku u tego płatnika przekroczył kwotę stanowiącą górną granicę pierwszego przedziału skali, o której mowa w art. 27 ust. 1, przekazują w 10% na PFRON, oraz w 90% na ZFRON,
2) za miesiące następujące po miesiącu, w którym dochód podatnika uzyskany od początku roku u tego płatnika przekroczył kwotę, o której mowa w lit. a), przekazują na zasadach określonych w ust. 1 (do urzędu skarbowego).
Od początku 2009 r. pracodawcy będący podatnikami, zarówno podatku dochodowego od osób prawnych, jak i od osób fizycznych, mają możliwość uwzględniania wynagrodzeń w kosztach podatkowych na zasadzie memoriału. Należności ze stosunku pracy oraz zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego wypłacane przez zakład pracy stanowią koszty uzyskania przychodów w miesiącu, za który są należne, pod warunkiem że zostały wypłacone lub postawione do dyspozycji w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony. W przypadku uchybienia temu terminowi do należności tych stosuje się metodę kasową, czyli należności te są kosztem w momencie wypłaty (postawienia do dyspozycji). Stanowią o tym przepisy art. 15 ust. 4g oraz art. 16 ust. 1 pkt 57 u.p.d.o.p. i odpowiednio art. 22 ust. 6ba oraz art. 23 ust. 1 pkt 55 u.p.d.o.f.
Podatek dochodowy jest finansowany przez pracownika - pracodawca jedynie pobiera ten podatek jako płatnik. Powoduje to, że kwota omawianego podatku jest kosztem w tym samym momencie, co inne składniki wynagrodzeniowe składające się na wynagrodzenie brutto (a więc jeżeli wynagrodzenie jest np. kosztem stycznia, to podatek dochodowy obciążający to wynagrodzenie także jest kosztem pracodawcy potrącanym w tym samym miesiącu). Nie ma przy tym znaczenia, czy zaliczka została odprowadzona do urzędu skarbowego, czy też nie, a jeżeli nie, to czy została przekazana na ZFRON. Tym samym, jeżeli źródłem finansowania byłaby zaliczka od wynagrodzeń przekazana na ZFRON, to wydatki z niej sfinansowane nie mogą stanowić kosztu uzyskania przychodów (interpretacja Ministra Finansów z dnia 5 marca 2010 r.). Doprowadziłoby to bowiem do zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów dwa razy tej samej kwoty - pierwszy raz w momencie zaliczenia wynagrodzeń do kosztów, a drugi w momencie rozliczenia wydatków z ZFRON.
W praktyce nie ma możliwości określenia, czy dany wydatek został sfinansowany z tego, czy innego źródła w powyższym znaczeniu, to znaczy, czy pieniądze wydatkowane z ZFRON pochodziły z zwolnienia od podatku dochodowego naliczanego od wynagrodzeń, czy z innych źródeł (zaświadczenie o pomocy de minimis nic tu nie da, jeżeli nie będą w nim zawarte informacje, z jakiego tytułu dane kwoty znalazły się na koncie ZFRON, a to ma kluczowe znaczenie dla omawianej sprawy). Pieniądze to aktywa finansowe oznaczone co do gatunku – w efekcie mając przychody z dwóch różnych źródeł, zazwyczaj nie ma możliwości określenia z którego źródła ponieśliśmy wydatki. Tym samym, pracodawca powinien wyłączyć po prostu z kosztów wydatki z ZFRON do kwoty przekazanej zaliczki na podatek.

Z treści powyższej interpretacji wynika, że wydatki z ZFRON mogą lub nie mogą być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów (w zależności od źródła finansowania ZFRON – patrz wyżej). Tymczasem pracodawca może dokonać zakupu środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych dla potrzeb osób niepełnosprawnych. Rodzi się więc pytanie, czy zasady określone w piśmie MF dotyczą wydatku inwestycyjnego, czy poszczególnych odpisów amortyzacyjnych. Należy przychylić się do tego drugiego stanowiska. Zgodnie z powyższym pismem wydatki, które zostały sfinansowane z PIT od wynagrodzeń nie mogą być kosztem, a wydatki z innych źródeł mogą być kosztem na zasadach ogólnych. Zasady ogólne oznaczają także stosowanie katalogu wyłączeń z art. 23 ust. 1 u.p.d.o.f. i art. 16 ust. 1 u.p.d.o.p. – w tym wyłączenia dotyczącego zaliczania do kosztów uzyskania wydatków na nabycie majątku trwałego. W efekcie nabycie składnika takiego majątku za pieniądze z ZFRON nie będzie kosztem uzyskania przychodów, a odpisy amortyzacyjne będą w kosztem w części nie sfinansowanej z PIT od wynagrodzeń.

Przykłady
Na koncie ZFRON znajduje się kwota 100.000 zł, z czego 80.000 zł pochodzi ze zwolnienia od konieczności zapłaty podatku dochodowego od wynagrodzeń, a 20.000 zł pochodzi z innych tytułów. Powoduje to, iż kwota 80.000 zł stanowiła koszty uzyskania wraz z innymi składnikami wynagrodzeniowymi (co do zasady, w poszczególnych miesiącach, których dotyczyło wynagrodzenie, od którego został naliczony podatek dochodowy przekazany na ZFRON), a kwota 20.000 zł nie była zaliczana do kosztów uzyskania przychodów. W efekcie wydatki z ZFRON mogą być zaliczane do kosztów uzyskania wyłącznie do kwoty 20.000 zł. Inną rzeczą jest jak to technicznie rozwiązać. Można tu wymyśleć kilka wariantów - przykładowo:
1) rozliczenie proporcjonalne – w naszym przykładzie do kosztów zliczane byłoby 20% każdego wydatku;
2) rozliczenie według zasady pierwszeństwa wydatkowania kwot niebędących kosztem w momencie przekazania na ZFRON – w naszym przykładzie podatnik będzie zaliczał do kosztów wydatki do 20.000 zł, a wydatki w kwocie wyżej nie będą kosztem powyżej 20.000 zł;
3) rozliczenie według zasady pierwszeństwa wydatkowania kwot zatrzymanego podatku dochodowego – w naszym przykładzie wydatki do 80.000 zł nie będą kosztem, a dopiero nadwyżka wydatków ponad tę kwotę może być zaliczona do kosztów uzyskania przychodów;
4) rozliczenie według rachunkowych zasad FIFO/LIFO (pierwsze weszło, pierwsze wyszło lub ostatnie weszło, pierwsze wyszło).
Moim zdaniem, najlepszym rozwiązaniem jest rozliczanie proporcjonalne. Problem jednak w tym, że proporcje są zmienne, wobec czego każdorazowo wymagałoby to wyliczeń, ale dzięki tej metodzie podatnik powinien spać spokojnie – organy podatkowe nie powinny mieć zastrzeżeń.